Matroska ist der beste Container den es gibt. Die Komprimierung in Zusammenhang mit der Qualität ist weitaus höher als beim Avi-Container.
Konvertieren würde ich dir nicht empfehlen, da dies Qualitätsverlust bedeutet. Aber du kannst per mkv2vob ganz einfach umcontainern. Je nach Rechnerleistung dauert das nur wenige Minuten.