Ich weiß eigentlich nicht so recht wo Dein Problem liegt. Wenn die AC3-Tonspur passt dann nimm doch die. Den Unterschied zwischen DTS und AC3 mit 448kb/s werden Deine Ohren nicht merken...
Ich hatte den Effekt mit einem asynchronen Ton auch schon einmal beim Rippen, ich gehe mal davon aus dass MPEG4-ASP generell Probleme mit DTS hat.
Wenn Du willst kannst Du ja mal versuchen mit Avidemux zu rippen (die Einstellung für das Audio dabei auf "Copy" stehen lassen), ich kann aber nicht garantieren ob es damit funktioniert. Wenn Du viel mit .avi's für den Standalone zu tun hast kannst Du Avidemux ohnehin gut gebrauchen, ist ein Universalwerkzeug wenn es um die Bearbeitung geht: Teile verbinden, Ton muxxen, Subs hardcoden, vermurkste Rips reparieren (Croppen und Bild resizen), und Rippen und Konvertieren zwischen verschiedenen Formaten funktioniert natürlich ebenso gut.