Treffer.
Noch schlimmer…
Sollte im MKV das Video im h.264 Format vorliegen, und dieses zu einer Hardware Decodierung deiner Grafikkarte (HD) kompatibel sein, hast Du diese Chance mit der Konvertierung zu einem ASP-MPEG4 Format wie XVid oder DivX zunichte gemacht.
Bisher gibt es noch keine Grafikkarte die XVid oder DivX voll decodieren kann, und bei HD Material mit hoher Auflösung wird dann deine CPU gefordert.
Dies kann, muss aber nicht der Grund für das Ruckeln sein, denkbar währe auch das im MKV gelinde gesagt
Müll 
enthalten ist oder dein Konvertierungs Tool damit nicht zurechtkommt.
ASP-MPEG4 ist etwas einfacher zu decodieren, h.264 erfordert hier mehr Power, dennoch könnte deine CPU überfordert sein (CPU Auslastung ??). Versuche mal im Decoder (XVid, DivX … ?) alle Bildverbessernde Optionen zu deaktivieren.
Was mich immer wieder wundert:
Warum um Gottes willen wollen denn alle immer wieder HD Material ins SD quetschen? Freut euch doch über die höhere Qualität und opfert ein paar Cent mehr für den benötigten Speicherbedarf.
Gruß ZeroMike