Wenn es schon mit VLC Porbleme gibt, der zum Abspielen nur seine eingebauten Decoder benutzt, gehe ich davon aus das es an der MKV liegt.
Für den Avi Container (divs/xvid ) gibt es diverse Tools, mit der man die Datei reparieren kann. Evtl. gibt es so etwas auch für MKV.

Ach ja, Codec-Packs schaden mehr als sie was nützen und damit kann man schnell sein System zerschießen. Hier ein guter Artikel, warum man von Codec-Packs tunlichst die Finger lassen sollte.
Richtiger Umgang mit Codec-Packs - Forum - CHIP Online