Wie schon geschrieben, der VLC Player benötigt Codecs. Diese sind aber die im Programm intriegiert und werden nicht im Windows System installiert.

Habe mal ebend im www geschaut. Bis jetzt gibt es imo kein Tool um MKVs zu reparieren.
Auf einigen Foren wird vorgeschlagen, das man versuchen sollte, die MKV mit MKVToolnix neu zu verpacken.